리건곤은 메카 소녀의 세계로 전생했지만 F급 전투 적성밖에 지니지 못한 탓에 메카 소녀에게 배신당하고, 부모가 남긴 유산마저 친척에게 빼앗길 위기에 처한다. 그런 와중에 뜻밖에도 '신급 개조 시스템'이 발동한다. 어떤 메카 소녀든 SSS급, 나아가 그 이상의 전력으로 개조할 수 있는 능력이었다. 리건곤은 빈사 상태였던 E급 폐철 메카 소녀 하진을 구해내고, 그녀를 SSS급 전력으로 개조한다. 그리고 메카 소녀 그랑프리에 출전해 빼앗길 뻔했던 유산을 되찾으려 한다. 하지만 그 과정에서 세계의 이면에서 암약하는 기계신교의 음모를 깨닫게 된다. 리건곤은 하진과 성란 등과 손을 잡고, 신교가 상층부에 침투해 있다는 진실을 폭로하며 그 사악한 계획을 저지하려 한다. 신급 개조 시스템의 힘으로 리건곤은 연이어 메카 소녀를 개조하며 메카 소녀 군단을 구축해 간다. 그리고 마침내 사막에서의 결전에서 기계신교 본부를 섬멸하고 세계를 구하게 된다.